Amikor a pogányság idői elmúltak, amikor a kereszténységet már nem üldözték, és világvallásként ismerték el, úgy tűnt, hogy minden nézeteltérést meg kell oldani. De néha csak az Ökumenikus Tanácsok tudták megoldani a felmerülő konfliktusokat, megcáfolni az eretnek tanításokat – még az egyházon belül sem volt béke.
Az első Ökumenikus Zsinat a Nikeiai Zsinat volt, amelyet 325-ben hívtak össze. Ennek oka Arius alexandriai presbiter széles körben elterjedt tanítása volt. Lényege az Atyaisten és a Fiú Isten közötti azonosság tagadása volt. Azzal érvelt, hogy Jézus Krisztust az Úr teremtette, de nem az ő megtestesülése. Ez a gondolat alapvetően megcáfolta a kereszténység összes dogmáját, ezért kezdetben Arius tanítását elutasította a Helyi Tanács. A büszke presbiter azonban nem volt hajlandó elismerni a zsinat döntését legitimnek, és továbbra is megnyerte a híveket.
Ezután Konstantin császár meghívott püspököket a világ minden tájáról az Ökumenikus Tanácsba Nicaea kisvárosába (ma Iznik néven, és a modern Törökország területén található). Az egyház jelenlévő képviselői közül néhányan kínzás nyomait viselték a testükön,az igaz kereszténység nevében kapta. Az Ariust támogató püspökök is jelen voltak.
A vita több mint két hónapig tartott. Ez idő alatt sok vita, filozófus beszéd, teológiai megfogalmazások tisztázása volt. A legenda szerint egy isteni csoda megnyilvánulása véget vetett a civakodásnak. Három alapelv egységeként az agyagszilánkra hozott példát: a víz, a tűz, az agyag egyetlen egészet ad. Hasonlóképpen, a Szentháromság lényegében egy Isten. Beszéde után tűz jelent meg a szilánkból, víz és agyag keletkezett. Egy ilyen csoda után a niceai zsinat végül elutasította Arius hamis tanítását, kiközösítette az egyházból, jóváhagyta a hitvallást és megállapította az egyházfegyelem 20 szabályát, meghatározta a húsvét ünneplésének időpontját.
De ez az Egyháztanács nem vetett véget ennek a kérdésnek. A vita nagyon sokáig folytatódott. Még most is hallatszik visszhangjuk – az arianizmus képezte Jehova Tanúi tanításának alapját.
A 325-ös zsinat mellett ott volt a második nikaei zsinat is, amelyet Irén konstantinápolyi császárné hívott össze 787-ben. Célja az akkori ikonoklaszma felszámolása volt. Valójában a császárné kétszer is kísérletet tett az Ökumenikus Tanács összehívására. De 786-ban az ikonoklasztokat támogató őrök berontottak a konstantinápolyi Szent Apostolok Templomába, ahol a zsinat megkezdte munkáját. A szentatyáknak szét kellett oszlaniuk.
Miután jelentős trükkökhöz folyamodott, feloszlatta a régi gárdát, új csapatokat toborzott, Irina mégis összehívta a székesegyházat787, de Konstantinápolyból Nikeába helyezte át. Munkája egy hónapig tartott, ennek eredményeként helyreállt az ikontisztelet, engedélyezték a templomokban.
Azonban még ez a niceai zsinat sem tudta maradéktalanul elérni a célját. Az ikonoklaszus továbbra is létezett. Az ikonoklasztok mozgalma végül csak 843-ban, a konstantinápolyi zsinaton verte meg.
